ChIP實驗原理：是在活細胞狀態(tài)下固定蛋白質－DNA復合物，并將其隨機切斷為一定長度范圍內的染色質小片段，然后通過免疫學方法沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段，通過對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。

　　1. 細胞交聯(lián)（Crosslinking）
　　
　　● 實驗目的：通過甲醛交聯(lián)將蛋白質與DNA結合固定，形成穩(wěn)定的復合物。
　　
　　● 實驗步驟：向細胞培養(yǎng)基中加入甲醛（通常濃度為1%），孵育10-15分鐘。加入甘氨酸終止交聯(lián)反應。收集細胞，用預冷的PBS洗滌。
　　
　　2. 細胞裂解（Cell Lysis）
　　
　　● 實驗目的：裂解細胞，釋放染色質。
　　
　　● 實驗步驟：使用含有蛋白酶抑制劑的裂解緩沖液裂解細胞。離心收集細胞核。
　　
　　3. 染色質打斷（Chromatin Shearing）
　　
　　● 實驗目的：將染色質打斷成200-1000 bp的片段，便于后續(xù)免疫沉淀。
　　
　　● 實驗步驟：使用超聲儀將染色質打斷。應用酶解法，使用微球菌核酸酶（MNase）消化染色質。
　　
　　● 注意：打斷后需通過瓊脂糖凝膠電泳或生物分析儀檢測片段大小。
　　
　　4. 免疫沉淀（Immunoprecipitation, IP）
　　
　　● 實驗目的：利用特異性抗體捕獲目標蛋白-DNA復合物。
　　
　　● 實驗步驟：將染色質片段與目標蛋白的特異性抗體孵育（通常過夜）。加入Protein A/G磁珠或瓊脂糖珠，捕獲抗體-蛋白-DNA復合物。洗滌磁珠，去除非特異性結合。
　　
　　5. 解交聯(lián)（Reverse Crosslinking）
　　
　　● 實驗目的：釋放DNA，便于后續(xù)分析。
　　
　　●實驗步驟：加入含有蛋白酶K的解交聯(lián)緩沖液，65℃孵育數(shù)小時或過夜。加熱使蛋白質變性，釋放DNA。
　　
　　6. DNA純化（DNA Purification）
　　
　　●實驗目的：純化DNA，去除蛋白質和RNA。
　　
　　● 實驗步驟：使用酚-氯仿抽提或商業(yè)化的DNA純化試劑盒。通過乙醇沉淀或離心柱法回收DNA。
　　
　　7. DNA分析（DNA Analysis）
　　
　　● 實驗目的：檢測目標DNA片段。
　　
　　●實驗步驟：定量檢測目標DNA片段的富集程度。高通量測序分析全基因組范圍內的蛋白質結合位點。
　　
　　ChIP實驗的關鍵點：
　　
　　● 抗體特異性：抗體的質量直接影響實驗結果，需選擇經(jīng)過驗證的高特異性抗體。
　　
　　● 染色質打斷：片段大小需控制在200-1000 bp，過大或過小都會影響免疫沉淀效率。
　　
　　● 對照設置：包括Input對照、IgG對照等，確保實驗結果的可靠性。
　　
　　ChIP實驗雖然步驟較多，但通過優(yōu)化條件和選擇合適的工具（如高效的DNA打斷儀），可以顯著提高實驗效率和成功率。
　　
　　傳統(tǒng)的超聲打斷法存在諸多痛點：
　　
　　● 操作繁瑣，耗時耗力：?需要反復摸索超聲條件，耗時長達數(shù)小時。
　　
　　● 樣本損失大，重復性差：?超聲過程中容易產(chǎn)生熱量，導致樣本降解，實驗結果不穩(wěn)定。
　　
　　● 難以處理微量樣本：?傳統(tǒng)方法對樣本量要求高，難以滿足微量樣本的實驗需求。
　　
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　　● 微量樣本，輕松應對：可處理微量樣本，滿足各種實驗需求。
　　
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