在NGS檢測(cè)實(shí)驗(yàn)中,DNA文庫(kù)構(gòu)建的第一步就是將DNA隨機(jī)打斷成符合各測(cè)序平臺(tái)讀長(zhǎng)的片段。相信熟悉NGS文庫(kù)構(gòu)建的科研人員一定糾結(jié)過(guò)這個(gè)問題,是用酶解打斷還是超聲波打斷?
目前DNA打斷的主要的方法是超聲法和酶解法。但是這兩種方法在實(shí)際使用中各具優(yōu)勢(shì),需要根據(jù)實(shí)驗(yàn)者自身的情況進(jìn)行選擇。
超聲波打斷法:
1.操作簡(jiǎn)單,耗時(shí)短,成本低;
2.剪切效果不受DNA濃度影響,
3.隨機(jī)片段化,無(wú)GC序列偏好;
4.片段化結(jié)果集中度高,目的長(zhǎng)度片段得率高。
酶解法:
1.實(shí)驗(yàn)要求嚴(yán)格,針對(duì)不同樣本合適的片段化條件摸索不易,成本較高;
2.存在序列偏好性;需要根據(jù)樣本濃度改變酶濃度,酶活性易受到溶液成分影響;
3.目標(biāo)長(zhǎng)度片段集中度較低。
由上可見超聲打斷法的優(yōu)勢(shì)顯而易見,但常用的超聲波打斷儀分為接觸式和非接觸式。相比傳統(tǒng)的探頭超聲波破碎儀,探頭與樣品直接接觸,一次只能處理一個(gè)樣品,實(shí)驗(yàn)周期長(zhǎng)。而小美非接觸超聲波DNA打斷儀產(chǎn)品卻可在密閉容器下進(jìn)行破碎,不產(chǎn)生感染性飛霧,超聲探頭與樣品不接觸,避免交叉污染。
對(duì)于每天要處理多個(gè)樣品或者貴重樣品的實(shí)驗(yàn)室,小美非接觸DNA超聲波打斷儀具有通量高、實(shí)驗(yàn)一致性好,實(shí)驗(yàn)重復(fù)性好、片段得率高、樣本低損耗,無(wú)交叉污染等優(yōu)點(diǎn)。
一次多可同時(shí)處理32-64個(gè)樣品,實(shí)驗(yàn)效率高。專為二代測(cè)序DNA樣本與染色質(zhì)免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)樣本前處理量身訂做的。
采用等溫、非接觸的方式對(duì)樣品進(jìn)行打斷、勻漿和混合;可用于超微量破碎,隔著離心管能打斷染色體。深受各大基因公司、生物公司、測(cè)序公司的好評(píng)!
如何做好一個(gè)實(shí)驗(yàn),選擇往往比努力更重要。小美非接觸超聲波DNA打斷儀,讓你實(shí)驗(yàn)事半功倍的科研好物!